W latach 1928–1932 studiował na Sorbonie historię. Podczas studiów zetknął się z ideami socjalistycznymi i z Francuską Partią Komunistyczną. Następnie wrócił do Syrii pod mandatem francuskim i podjął pracę w charakterze nauczyciela w męskiej szkole średniej at-Tadżhiz. Równocześnie zaangażował się w głoszenie idei socjalistycznych i panarabskich. W pracy poznał innego nauczyciela, Salah ad-Dina al-Bitara, który również studiował we Francji i tam został sympatykiem socjalizmu. W 1943 Aflak i al-Bitar organizowali w jednej z kawiarni w Damaszku stałe dyskusje polityczne, gromadząc wokół siebie grupę zwolenników. W tym samym roku Aflak bez powodzenia startował w wyborach parlamentarnych jako kandydat niezależny w okręgu damasceńskim.
1947-1963. Ideolog partii Baas W 1947 Aflak, al-Bitar oraz Zaki al-Arsuzi założyli Partię Odrodzenia Arabskiego (partię Baas; z arab. baʿth – odrodzenie, zmartwychwstanie). Podczas gdy al-Bitar zajmował się koordynowaniem bieżącej działalności organizacji, Aflak był głównym teoretykiem organizacji, a sformułowana przez niego ideologia określana jest w literaturze jako baasizm.