W dobie pierwszej wzmianki do 1594 miejscowość znajdowała się w granicach wydzielonego z księstwa cieszyńskiego skoczowsko-strumieńskiego państwa stanowego, po czym powróciła do domeny książęcej. W początkowym okresie występowała również pod nazwą Kowalowice. W 1766 należała do Komory Cieszyńskiej.
Według austriackiego spisu ludności z 1900 w 59 budynkach w Kowalach na obszarze 359 hektarów mieszkało 385 osób, co dawało gęstość zaludnienia równą 107,2 os./km². z tego 296 (76,9%) mieszkańców było katolikami, 83 (21,6%) ewangelikami a 6 (1,6%) wyznawcami judaizmu, 374 (97,1%) było polsko- a 11 (2,9%) niemieckojęzycznymi. Do 1910 roku liczba mieszkańców spadła do 362, z czego 239 (66%) było katolikami, 112 (30,9%) ewangelikami a 11 (3%) żydami, 339 (93,6%) polsko- a 23 (6,4%) niemieckojęzycznymi.
W latach 1975–1998 miejscowość położona była w województwie bielskim.
24 maja 2015 roku podczas wyborów prezydenckich w lokalu wyborczym w Kowalach zasłabła, a następnie zmarła 80-letnia kobieta. Spowodowało to 1,5-godzinną przerwę w pracy obwodowej komisji wyborczej przez co przedłużono głosowanie do 22:30. W związku z tym Państwowa Komisja Wyborcza przedłużyła do tej godziny ciszę wyborcząCisza wyborcza przedłużona.