Początkowo kościół nosił wezwanie św. Michała Archanioła, św. Jana Chrzciciela i św. Barbary[A. Bednarczyk; regiopedia.pl http://podkarpacki.regiopedia.pl/wiki/kosciol-i-klasztor-oo-pijarow-pw-sw-krzyza-sw-michala-archaniola-w-rzeszowie]. Zasadnicze finansowanie budowy kościoła przypadło w udziale szwagrowi Prudencji. Jerzy Sebastian Lubomirski, wskutek wygranego sporu z mężem Prudencji, Dominikiem Ostrogskim-Zasławskim objął w posiadanie rzeszowskie dominium. W efekcie fasada późnobarokowa wykonana w latach 1705–1707 według projektu architekta nadwornego architekta Lubomirskich – Tylmana z Gameren) znacznie zmieniła obraz kościoła. Klasztor natomiast przeznaczono dla pijarów. W dużym stopniu umożliwiły to wpływy Lubomirskich (w trakcie szwedzkiego najazdu w łańcuckiej rezydencji rodziny przebywali bowiem królowa Ludwika Maria Gonzaga i nuncjusz apostolski – Antonio Pignatelli del Rastrello, późniejszy papież Innocenty XIIM. Czarnota, dla TVP Rzeszów). Papież Klemens IX erygował kolegium wraz z kościołem i szkołą bullą In iuncti nobis devinitis Pastoralis 20 marca 1668, jako trzecie po Warszawie i kolegium w Podolińcu w Polsce.