Podstawczaki są heterotaliczne. U ogromnej ilości podstawkowych występuje specyficzny cykl rozwojowy, charakteryzujący się przede wszystkim rozległym i długotrwałym stadium grzybni podzielonej na komórki o jądrach sprzężonych. Stadium to jest nazywane dikariofazą. Z haploidalnych zarodników wyrasta grzybnia pierwotna (przedgrzybnia). Dalszy rozwój grzyba możliwy jest po zrośnięciu się dwóch takich grzybni, z których powstaje od razu grzybnia dikariotyczna, w której każda komórka ma parę jąder sprzężonych (somatogamia). Powstanie tej grzybni odpowiada zapłodnieniu u innych organizmów.
Gdy grzybnia podstawczaków zamienia się w owocnik, szczyty niektórych strzępek nabrzmiewają i oddzielają się ścianą od reszty strzępki. Zachodzi w nich zlanie się, a następnie podział jąder sprzężonych (kariogamia). Komórka w tym czasie tworzy wyrostki zwane sterygmami, do których przechodzą owe podzielone jądra. Sterygmy odgradzają się od reszty komórki ścianą, ich własna ściana ulega pogrubieniu i w ten sposób powstają zarodniki. Nabrzmiała komórka przekształca się po wytworzeniu sterygm i zarodników w podstawkę (basidium), od której pochodzi nazwa podstawczaków.