Jako szef rządu, kontynuował główne założenia polityki Szarona, takie jak wspieranie realizacji tzw. mapy drogowej i propagowanie rozwiązania konfliktu z Palestyńczykami opierającego się na utworzeniu państwa palestyńskiego obok Izraela. Jego gabinetowi udało się utrzymać stosunkowo zdrowe relacje z Autonomią Palestyńską znajdującą się pod rządami Fatahu, czego efektem była m.in. konferencja w Annapolis w listopadzie 2007 r. Z drugiej strony jednak, kadencja Olmerta to duże konflikty zbrojne z Hezbollahem w południowym Libanie (II wojna libańska) i z Hamasem w Strefie Gazy (operacja Płynny Ołów). Olmert i minister obrony Amir Perec (z Partii Pracy) byli mocno krytykowani za sposób prowadzenia działań militarnych zwłaszcza podczas tego pierwszego konfliktu.