Zajmuje obszar o powierzchni 71 592,56 ha (w tym 13 989,07 ha obszaru lądowego i 57 603,49 ha obszaru morskiego), który dzieli się na: strefę centralną – o powierzchni 17 242,37 ha (w tym 6 043,82 ha obszaru lądowego i 11 198,55 ha obszaru morskiego), strefę buforową – o powierzchni 11 769,92 ha (w tym 1 446,74 ha obszaru lądowego i 10 323,18 ha obszaru morskiego), strefę przejściową – o powierzchni 42 580,27 ha (w tym 6 498,51 ha obszaru lądowego i 36 081,76 ha obszaru morskiego). Wyspa Książęca charakteryzuje się łagodną rzeźbą terenu w części północnej, na południu zaś rozciągają się zbudowane z fonolitów góry, z których najwyższą jest Pico de Príncipe (948 m n.p.m.). Inne szczyty, których wysokość przekracza 500 m to (537 m n.p.m.), (680 m n.p.m.), (839 m n.p.m.) i (921 m n.p.m.). Teren poprzecinany jest głębokimi skalistymi dolinami pomiędzy wzniesieniami.