łącznie w procesie tworzenia uczestniczyło troje reżyserów kreatywnych (creative directors). Ze względu na wysokie nakłady finansowe gra była kosztowna w chwili premiery, a prezes Ubisoftu Yves Guillemot określił ją marketingowym terminem „AAAA”, kładącym nacisk na najwyższy priorytet produkcyjny.
Odbiór Wątek fabularny został oceniony negatywnie. Travis Northup z IGN stwierdził, że w Skull and Bones znaczące dla fabuły są tylko dwie z nielicznych postaci niezależnych, a i te zdaniem recenzenta są nieciekawe. Northup skomentował także drastyczne zmiany względem wersji beta. Przykładowo, w wersji wydanej w chwili premiery pojawia się moment, gdy gracz spotyka nieżyjącego pirata, który we wczesnej wersji gry mógł zostać napotkany, gdy jeszcze żył. Matt Wales piszący dla serwisu Eurogamer uznał, że fabuła gry to sztampowa opowieść o wojnie frakcji złożonych z postaci pozbawionych uroku. Jego zdaniem gra nie jest szczególnie wciągająca, ale nadaje niezgrabnej mechanice Skull and Bones pewnego pędu narracyjnego.