Obszary o dużym znaczeniu przyrodniczym i krajobrazowym znajdujące się na terenie Gdańska (w 2008 roku było to w sumie 6005 ha, czyli 22,9% powierzchni miasta) objęte są ochroną prawną w czterech obszarach chronionego krajobrazu (z których największe znaczenie ma południowa część Trójmiejskiego Parku Krajobrazowego i znajdujące się na jego terenie Lasy Oliwskie), pięciu rezerwatach przyrody (położonych w obrębie wyżej wymienionych obszarów chronionych), dwóch zespołach przyrodniczo–krajobrazowych oraz w obrębie trzynastu użytków ekologicznych.
W granicach administracyjnych miasta znajduje się 208 pomników przyrody, w tym 162 to pojedyncze drzewa, 32 to grupy drzew, 2 aleje, 11 głazów narzutowych i 1 pomnik powierzchniowy – co plasuje Gdańsk w czołówce polskich miast pod względem ich liczby. Wśród drzew uznanych za pomniki przyrody najwięcej jest buków i dębów. Pomniki te miejscami skupione są blisko siebie, między innymi w rejonie starego Wrzeszcza, w parku Steffensa i w rejonie starej Oliwy.