1 września 1939 roku szkoła w związku ze zmianą struktury organizacyjnej przyjęła nazwę – Prywatne Gimnazjum i Liceum oraz Szkoła Podstawowa Aleksego Zimowskiego. Szkoła podczas II wojny światowej funkcjonowała do listopada 1939 w wyniku zamknięcia jej przez Niemców i zniszczenia księgozbioru. Okupanci w gmachu szkoły otworzyli wówczas niemiecką szkołę.
Aleksy Zimowski reaktywował działalność placówki oświatowej przy ul. Sienkiewicza 112 w lutym 1945 roku. Po miesiącu szkoła została przejęta przez państwo i przekształcona w XVI Gimnazjum i Liceum im. Jana Kochanowskiego. W 1947 w miejscu szkoły odtworzono Państwowe Ogólnokształcące Liceum nr XVII, które działało do 1972. Następnie gmach został przejęty przez Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN.
Działalność placówki Placówka szkoły obejmowała m.in. salę gimnastyczną, boisko, bibliotekę, pracownię robót ręcznych, izbę harcerską, a także gabinet lekarski, pracownie chemiczną, fizyczną i przyrodniczą.