Na Malcie Francuzi niespodziewanie rozwiązali Kościół katolicki oraz wszystkie instytucje Zakonu Maltańskiego. Dobra kościelne zostały złupione i zajęte, aby opłacić ekspedycję do Egiptu. Działania te wywołały niezadowolenie wśród głęboko wierzącego, katolickiego społeczeństwa Malty. Pojawiły się również problemy natury ekonomicznej, przez co rząd francuski zaprzestał wszelkich wypłat oraz rozpoczął wywóz złota i srebra z banków oraz innego cennego majątku, należącego wcześniej do Zakonu.
Kiedy francuska flota śródziemnomorska została 1 sierpnia 1798 roku zniszczona w bitwie pod Abukirem, brytyjska Royal Navy rozpoczęła przygotowania do przyszłej blokady Malty, licząc na pomoc ludności obu wysp, coraz bardziej niezadowolonej z francuskiej okupacji.
Przyczyny wybuchu powstania W październiku 1798 roku Jean de Bosredon de Ransijat – przewodniczący Francuskiej Komisji Rządowej na Malcie – przeanalizował przyczyny powstania maltańskiego i opublikował swoje ustalenia w dzienniku wojennym z 1801 roku Journal du Siége et Blocus de Malte.