Próba dostarczenia pisma nie powiodła się i w obliczu groźby aresztowania parlamentariusze opuścili port, lecz zostali ostrzelani z broni maszynowej przez holownik (ranny został m.in. kmdr ppor. d’Argenlieu). Następnie uczestniczył w kampanii o Gabon na pokładzie awiza „Savorgnan de Brazza”, który został ostrzelany przez vichystowski „Bougainville”, „Savorgnan de Brazza” odpowiedział ogniem niszcząc przeciwnikaLe combat fratricide de Libreville du 9 novembre 1940..
Po awansie na kapitana marynarki wrócił na „Commandant Duboc” jako pierwszy oficer. Brał udział w kampanii abisyńskiej oraz w bitwie o Atlantyk.
9 lutego 1942 został wyznaczony na pierwszego oficera okrętu podwodnego „Junon”, który wykonywał patrole oraz misje specjalne (przerzucał agentów oraz komandosów) do Norwegii na Morzu Północnym. W marcu 1943 objął dowództwo okrętu i przyprowadził go do stoczni remontowej w Algierze, po czym wrócił wraz z załogą do Anglii aby obsadzić okręt podwodny „Morse”.
Skazany 7 kwietnia 1943 na dożywotnią karę ciężkich robót, degradację oraz konfiskatę majątku przez sąd morski w Tulonie, został zrehabilitowany przez sąd apelacyjny w Aix-en-Provence 4 grudnia 1944.