Podczas ewakuacji więźniów Buchenwaldu do Dachau, Merbach otrzymał zadanie nadzorowania pociągu z więźniami, który opuścił stację w Weimarze 7 kwietnia 1945. Pociąg ten miał później otrzymać nazwę „pociągu śmierci z Buchenwaldu”. Już podczas drogi na stację esesmani zamordowali kilkuset więźniów, z tego osobiście Merbach około 10. Świadkowie opisują jak Merbach strzelał z karabinu maszynowego do czeskich cywili, którzy usiłowali podać więźniom pożywienie w mieście Pilzno. Z powodu ciągłych nalotów alianckich pociąg często zatrzymywał się, stając się łatwym celem dla samolotów. Esesmani wówczas kryli się w pobliskich lasach. Podczas postojów Merbach osobiście rozstrzeliwał więźniów w każdym z wagonów. Rozkazał także wszystkim francuskim więźniom opuścić pociąg i następnie dokonał ich egzekucji. W Nammering koło Pasawy spalono 800 ciał, kilkuset więźniów zastrzelono w kamieniołomach. Podróż do Dachau trwała prawie trzy tygodnie i zakończyła się śmiercią większości więźniów (pozbawionych praktycznie wody i pożywienia). Niewielka część z nich ocalała, by opisać Amerykanom przebieg tej podróży.