Jednak duchowieństwo niemieckie nie chciało ustąpić i wszelkimi sposobami szerzyło trudności słowiańskim duchownym, stosując różnego rodzaju oszczerstwa czy szykany.
W 885 po śmierci Metodego, w wyniku działalności opozycji niemieckiej na czele z biskupem Wichingiem nie został powołany na arcybiskupa Gorazd – kandydat wyznaczony przez Metodego na swojego następcę. Ostatecznie liturgia słowiańska w państwie wielkomorawskim została zakazana przez papieża Stefana V i zastąpiona obrządkiem łacińskim.
Choć po śmierci Metodego misja wielkomorawska upadła, dzieło zapoczątkowane przez braci rozwijało się dalej. Wypędzeni z Moraw ich uczniowie i współpracownicy tworzyli ośrodki liturgii i piśmiennictwa słowiańskiego na terenie Czech, Chorwacji, Serbii, Bułgarii, Macedonii, a potem Rusi, gdy ta przyjęła chrześcijaństwo.
Po misji wielkomorawskiej
thumb|Współczesne państwa Słowian, w których dominującą religią jest prawosławie