Oskarżony m.in. o „zniewagi i kpiny z portretu Jej Królewskiej Mości, tańczenie i śpiewanie hymnu Marsylianka przed tym portretem w akcie pogardy”, został aresztowany 19 lipca 1795 i osadzony w więzieniu Castel Sant'Elmo. Przebywał tam niecałe trzy lata. Uciekł 17 kwietnia 1798, przy współudziale porucznika Ferdinando Aprile. Pojechał najpierw do Rzymu, a następnie do Mediolanu, gdzie zyskał sympatię francuskiego porucznika Jouberta. W armią francuską powrócił do Królestwa Neapolu w styczniu 1799. Po utworzeniu Republiki Partenopejskiej okazał się wybitnym przywódcą wojskowym, prowadząc akcje zbrojne w różnych prowincjach, mające na celu tłumienie powstań chłopskich.
W lutym i marcu 1799 brał udział w licznych walkach w Apulii i Kalabrii, gdzie rojalistyczni powstańcy walczyli z republikańskimi wojskami francuskimi. Brał udział m.in. w zdobywaniu rodzinnej Andrii. W trakcie tych starć otrzymał od rządu tymczasowego rozkaz udania się w kierunku Abruzji w celu obrony twierdzy Pescara, którą Francuzi musieli opuścić, by zaangażować się w działania wojenne poza państwem neapolitańskim. Garnizon francuski oddał mu fortecę, gdzie został z około dwustoma ludźmi, dobrze zaopatrzony w broń, amunicję i zapasy.