Fundusz zapasowy przedsiębiorstwa „Polskie Koleje Państwowe” powstawał z odliczenia 1% od ogólnego dochodu eksploatacyjnego i nie mógł przekraczać 500 zł, na jeden kilometr eksploatacyjnej długości linii toru normalnego.
Fundusz melioracyjny powstawał przez odliczanie 2% od ogólnego dochodu eksploatacyjnego i służył do uzupełnienia wydatków eksploatacyjnych (budowie taboru, szyn, podkładów itp.).
Fundusz inwestycyjny tworzono z zaciągniętych przez przedsiębiorstwo „Polskie Koleje Państwowe” długoterminowych pożyczek lub z dotacji udzielanych przez Skarb Państwa.
Organami przedsiębiorstwa były: Generalna Dyrekcja, Dyrekcje Okręgowe i podległe im urzędy i jednostki administracyjne. Na czele Dyrekcji Generalnej stał Dyrektor powoływany na wniosek Ministra Komunikacji przez Prezydenta RP.
Generalny Dyrektor odpowiadał za swą działalność oraz za działalność wszystkich organów przedsiębiorstwa wobec Ministra Komunikacji.
Dyrekcje Okręgowe sprawowały w swych okręgach bezpośredni zarząd kolejami pod zwierzchnim kierownictwem Generalnego Dyrektora.
Liczbę, granice i siedziby Dyrekcji Okręgowych ustalał Minister Komunikacji na wniosek Generalnego Dyrektora.
Na czele Dyrekcji Okręgowej stał Dyrektor mianowany lub zatwierdzony na wniosek Generalnego Dyrektora przez Ministra Komunikacji.