Swoją urodą Maria wnet zwróciła uwagę nowego władcy Rosji, cara Aleksandra I, który po odsunięciu się od żony Elżbiety i kilku przelotnych znajomościach, w 1801 rozpoczął wieloletni romans z Naryszkiną. Mimo swej oficjalnej wręcz pozycji u boku cara Maria nie ingerowała w politykę, nie wdawała się w dworskie intrygi, nie ubiegała się też o korzyści majątkowe, bowiem bogactwo rodziny jej męża było „wręcz niezmierzone”, za to Aleksander cenił urok i ciepło, jakie znalazł u nowej kochanki, a których „nie zaznawał w małżeńskim domu”. Jakkolwiek Maria nie angażowała się w sprawy państwowe, to jej osoba pojawiała się w raportach dyplomatów urzędujących w rosyjskiej stolicy, np. ambasadorów Szwecji i Sardynii, zaś przedstawiciel cesarza Napoleona, generał Savary za jej pośrednictwem próbował ostrzec cara przed możliwym zamachem stanu.
W 1813 lub 1814, tuż przed wyjazdem cara na kongres wiedeński, gdzie miano decydować o kształcie Europy po upadku Napoleona, Maria Naryszkina porzuciła cara i wyjechała z Rosji razem z nowym kochankiem, według innych źródeł wyjazd był spowodowany złym stanem zdrowia córki Zofii.
W 1833 roku zamieszkała z mężem w Odessie, a w ostatnich latach życia mieszkała za granicą.