Do 1902 lub 1903 Franz Thonner mieszkał z żoną w Dreźnie, następnie w Wiedniu, a w 1920 przeprowadzili się do Smíchova (od 1922 dzielnica Pragi).
Zainteresowania badawcze Thonnera koncentrowały się na wielkoskalowych syntezach systematycznych: jego głównymi dziełami botanicznymi są kilkakrotnie modyfikowany, tłumaczony i adaptowany na różne języki klucz do oznaczania roślin całego świata (do poziomu rodziny) oraz klucze do oznaczania roślin Europy i Afryki (do poziomu rodzaju).
Jego opisy wypraw zawierają również obserwacje etnologiczne i lingwistyczne.
Zielnik Franza Thonnera znajduje się w Belgii (herbarium BE według Index Herbariorum), natomiast jego zbiory etnograficzne w większości w Wiedniu.
Publikacje Klucze do oznaczania roślin Klucz do oznaczania rodzin roślin nasiennych całego świata: Anleitung zum Bestimmen der Familien der Phanerogamen (1891) Analytical key to the natural orders of flowering-plants (tłumaczenie angielskie, 1895) Anleitung zum Bestimmen der Familien der Blütenpflanzen (Phanerogamen) (drugie wydanie, 1917) Thonner's analytical key to the families of flowering plants (wersja angielska zmodyfikowana przez Roberta Geesinka i współautorów;