Był na tyle dyskretny, że przez 46 lat pracy w Chinach nie dotknęły go żadne z powtarzających się krwawych prześladowań chrześcijan w państwie. Zmagał się także z niechęcią narodowościową ze strony dominujących liczebnie wśród jezuickich misjonarzy Portugalczyków.
Episkopat 7 lutego 1752 wybrany został biskupem nankińskim, co 15 maja 1752 zatwierdził papież Benedykt XIV. 20 lipca 1755 przyjął sakrę biskupią z rąk biskupa Makau Bartolomeu Manoela Mendesa dos Reisa. W 1757 został ponadto administratorem apostolskim diecezji pekińskiej. Brak danych do kiedy pełnił tę funkcję (kolejny biskup pekiński został mianowany w 1778).
Jako biskup w dalszym ciągu prowadził potajemną działalność misjonarską, wówczas w okolicach Nankinu. Dotknęły go antyjezuickie nastroje w Europie. W 1761 premier Portugalii (sprawującej patronat nad misjami w Chinach) Sebastião José de Carvalho e Melo zawiesił jego pensję. W 1775 otrzymał polecenie ogłoszenia i przeprowadzenia kasaty swojego zakonu. W trakcie sporów wśród misjonarzy w Chinach został przejściowo zastąpiony przed administratora.
Biskupem nankińskim był do śmierci 22 maja 1787. Pod koniec jego życia diecezja nankińska liczyła ok. 30 000 wiernych.