W 1940 r. Franciszek Banaś przyłączył się do Związku Walki Zbrojnej, gdzie otrzymał pseudonim „Stefan”. Sprawował obowiązki wywiadowcy w centralnym wywiadzie Zgrupowania „Żelbet” AK w Krakowie. Gromadził informacje o konfidentach i powiadamiał ludzi o planowanych aresztowaniach. W latach 1941–1943, na rozkaz podziemia, służył w getcie krakowskim, gdzie pomagał w dostarczaniu artykułów spożywczych, korespondencji, lekarstw, opału, ponadto informował odpowiednie osoby, jakie zamiary miały władze niemieckie wobec mieszkańców getta. Będąc na wachcie przy wejściu do getta, umożliwiał Żydom przedostawanie się na „stronę aryjską”, jednocześnie instruował ich, jak mogą uniknąć wykrycia przez Niemców.

Jesienią 1943 roku, po serii aresztowań przeprowadzonych przez Gestapo w kierownictwie „policji granatowej” w Krakowie, porzucił służbę i zaczął się ukrywać.