Z Wołynia Joannicjusz Galatowski udał się do monasteru Wprowadzenia Matki Bożej do Świątyni w Kupiatyczach, którego przełożonym był Łazarz Baranowicz. Musiał tam dotrzeć przed 1650 r., gdy Łazarz wyjechał do Kijowa, by objąć stanowisko rektora Kolegium Mohylańskiego. Być może po odjeździe Łazarza Joannicjusz przejął po nim urząd przełożonego wspólnoty. O związku Joannicjusza z monasterem w Kupiatyczach świadczył spisany przez niego zbiór opowieści o cudach Kupiatyckiej Ikony Matki Bożej – tekst ten nie zachował się, Joannicjusz wspomina o nim w innej swojej pracy.
Wykładowca Kolegium Mohylańskiego Joannicjusz ponownie znalazł się w Kijowie w r. 1655 lub 1656, gdyż w 1657 r. był już wykładowcą klasy retoryki Kolegium Mohylańskiego. Następnie objął stanowisko rektora Kolegium i równocześnie ihumena monasteru Objawienia Pańskiego w Kijowie. Funkcje te pełnił już z pewnością na przełomie 1658 i 1659 r. – źródła wskazują, że właśnie on zajmował się, jako przełożony klasztoru i rektor szkoły, usuwaniem skutków pożaru, który strawił zabudowania monasteru i kolegium. Jako rektor kolegium był równocześnie wykładowcą retoryki.