Do 1600 roku prawosławni Grecy formalnie wyrzekli się, ale w różnych udokumentowanych przypadkach nadal praktykowali swoje stare obrzędy. W obliczu tego skonsolidowana społeczność katolickich Greków porzuciła swoje tradycyjne centrum w Birgu i przeniosła się do Valletty, po czym stała się podatna na asymilację z głównym nurtem etnicznym.
W XVII wieku obecność wyznawców prawosławia została również spotęgowana przez osmańskich Greków, wziętych jako niewolnicy przez maltańskich korsarzy, z których niektórzy sami byli etnicznymi Grekami; pojawiły się również nowe fale Majnotów i Etolian. Powstała społeczność, choć niewielka, uczestniczyła w propagowaniu i „”. Wielu miejscowych Greków poparło także francuską okupację Malty, która poprzedzała wojnę francusko-osmańską. W okresie kolonizacji brytyjskiej przywódca maltańskiej społeczności greckiej Ioannis Papafis był sponsorem greckiej wojny o niepodległość. Grecy związani z katolicyzmem lub prawosławiem pozostawali obecni przez następne stulecia, chociaż ta ostatnia społeczność była nadal nieformalnie marginalizowana przez cały XIX wiek i obecnie stanowi niewielką mniejszość.