Filozofem, który bezpośrednio podjął problem wolności myśli był Baruch Spinoza, który rozumiał ją jako wolność filozofowania (w tym: działalności naukowej) i łączył ją z tolerancją, wolnością od ingerencji władzy świeckiej i religijnej. W swoim Traktacie teologiczno-politycznym (1670) argumentował, że wolność ta powinna być podstawą wolnego państwa. Taka koncepcja wolności myśli, jako podstawy wolności badawczej i warunku oświeconego, dobrze urządzonego państwa była szeroko upowszechniona w oświeceniu, a jej najbardziej dojrzałą postać wyraził Wilhelm von Humboldt w pracy Ideen zu einen Versuch die Grenzen der Wirksamkeit des Staates zu bestimen (1792).
Wczesnonowożytni zwolennicy wolności myśli widzieli zagrożenia w ingerencji władz państwowych, religijnych, jak i naciskowi ludu. Nazywano ich wolnomyślicielami i libertynami, i traktowano ich jako osoby podważające istniejący porządek społeczny. W późniejszym okresie (w XVIII w.) znaczenie tych terminów ewoluowało. Wolnomyślicielami zaczęto nazywać ludzi sprzeciwiających się jakimkolwiek dogmatom myślowym, podkreślającym samodzielne myślenie i racjonalizm światopoglądowy, a w szczególności krytycznych wobec zinstytucjonalizowanej religii.