Augustyn uczęszczał do niemieckich szkół powszechnych (Volksschule) w Naterkach i odległych o 3 kilometry Gronitach. Następnie rodzice posłali go do gimnazjum w Braniewie, które ukończył w 1913 roku wraz z maturąDie Abiturienten des Braunsberger Gymnasiums von 1860 bis 1916 : mit Unterstützung des Historischen Vereins für Ermland. lewo|mały|Reakcja na przeniesienie ks. Szarnowskiego do Braniewa Podczas I wojny światowej został wcielony do wojska. W latach 1920–1925 studiował w Akademii Państwowej w Braniewie i w seminarium duchownym. Święcenia kapłańskie przyjął 8 lutego 1925 w katedrze we Fromborku. 18 lutego rozpoczął posługę jako drugi wikariusz w Sztumie, gdzie zamieszkiwała mniejszość polska. Pracował tam prawie cztery lata, doskonaląc swoją polszczyznę. 18 lutego 1928 roku został mianowany wikariuszem w kościele św. Jakuba w Olsztynie. Wtedy podjął współpracę z czasopismem Ermländischer Kirchenblatt, publikując w nim liczne artykuły. W marcu 1933 roku, podczas wyborów do Parlamentu Rzeszy, kiedy w Prusach Wschodnich prowadzono agitację na rzecz NSDAP, ks. Szarnowski napisał artykuł w Kirchenblatt, że katolicy mają tylko jednego przewodnika (Führera), którym jest Jezus Chrystus. W październiku 1932 roku biskup Kallera mianował ks. Szarnowskiego sekretarzem związku Caritas diecezji warmińskiej, którą przedtem kierował ks.