Ze względu na pandemię koronawirusa Regionalliga Bayern w sezonie 2020/21 była de facto kontynuacją sezonu 2019/20, z którego nikt nie spadł, a jedynie do 3. Ligi awansował mistrz - Türkgücü Monachium. Ponadto, nikt nie awansował z Bayernligi, dlatego w drugiej części "sezonu" liga liczyła 17 drużyn: klubmiastomiejsce po pierwszej części "sezonu"1. FC Schweinfurt 05Schweinfurt21. FC Nürnberg IINorymberga3SpVgg BayreuthBayeruth4Viktoria AschaffenburgAschaffenburg5VfB EichstättEichstätt6SpVgg Greuther Fürth IIFürth7TSV BuchbachBuchbach8TSV AubstadtAubstadt9FC Augsburg IIAugsburg10Wacker BurghausenBurghausen11FV IllertissenIllertissen12TSV Rain am LechRain13SV HeimstettenKirchheim bei München14SV Schalding-HeiningPasawa15TSV 1860 RosenheimRosenheim16FC MemmingenMemmingen17VfR GarchingGarching bei München18
Tabela
Grupa barażowa Pierwotnie w grupie barażowej znaleźć się miały 4 zespoły, jednak rezerwy 1. FC Nürnberg nie ubiegały się o licencję na grę w 3. Lidze. W związku z tym pozostałe 3 drużyny walczyły o prawo udziału w barażach z przedstawicielem grupy Nord o awans do 3. Ligi na sezon 2021/22.