Nowożytność I Rzeczpospolita Po unii lubelskiej w 1569 r. również litewski Wołyń został przyłączony do Korony Królestwa Polskiego i do nowo powstałego województwa wołyńskiego. Dzisiejszy rejon kowelski był więc podzielony pomiędzy województwem ruskim i wołyńskim. Czasy I Rzeczypospolitej były dla rejonu złotym okresem rozwoju technologicznego, kulturalnego i gospodarczego po wiekach zastoju. Lokalna ruska ludność miała zagwarantowane prawa oraz swobodę religijną potwierdzoną w konfederacji warszawskiej w 1573 r.
W czasie powstania chmielnickiego w obwodzie kowelskim działał oddział powstańczych chłopów i mieszczan pod dowództwem Kołodki.
Po II rozbiorze tereny należące wcześniej do województwa ruskiego zostały włączone do województwa chełmskiego, a tereny należące do wcześniejszego do województwa wołyńskiego do nowo powstałego województwa włodzimierskiego.
Carstwo Rosyjskie W 1795 r., po III rozbiorze, rejon znalazł się w granicach Carstwa Rosyjskiego. Rejon został wcielony do guberni wołyńskiej.