W kaplicy znajduje się unikalny w skali świata ołtarz, wykonany w technice damaskinażu. Jest to dzieło Plácido Zuloagi – artysty, który na polu damaskinażu (inkrustowaniu żelaza srebrem i złotem) zdobył uznanie światowe. Panele retabulum przedstawiają sceny z życia św. Ignacego. Uzupełniające je krucyfiks i lichtarze, wykonane w technice damaskinażu pochodzą z warsztatu José Felipe Artamendiego. Ołtarz został zainstalowany w 1907, jest jedną z ostatnich prac mistrza.
Muzeum Sakralne W skrzydle północnym znajduje się ekspozycja przedmiotów liturgicznych, zorganizowana w dwóch salach. W drugiej z nich znajduje się ołtarz, pierwotnie zlokalizowany w kaplicy urządzonej w miejscu narodzin świętego. Wykonany jest z mahoniu w stylu plateresco, a jego tematem przewodnim jest św. Ignacy piszący Ćwiczenia Duchowe w jaskini w Manresie. W tej samej sali znajdują się egzemplarze Ćwiczeń Duchowych wydawane na przestrzeni wieków.
Ogrody Na zachód od Real Colegio de Loyola znajdują się ogrody, dostępne wyłącznie z budynków Real Colegio de Loyola i Centrum Duchowości. Ogrody przeznaczone są do użytku miejscowej wspólnoty oraz osób odprawiających ćwiczenia duchowe.