W Wielkanoc 1288 r. spotkał się z Bar Saumą, nestoriańskim mnichem i posłem władcy Ilchanatu, który próbował nawiązać przymierze z chrześcijańską Europą przeciwko muzułmanom w walce o panowanie na Bliskim Wschodzie. Jednocześnie Bar Sauma przekazał papieżowi informacje o życiu chrześcijan w Azji, a szczególnie wśród Mongołów i Chińczyków.
Utrata Akki w 1291 sprowokowała chęć zwołania krucjaty. Mikołaj IV wysyłał franciszkańskich misjonarzy na Bałkany i Bliski Wschód. Wysłał także pierwszego misjonarza do Chin – Jana z Montecorvino, który został później mianowany arcybiskupem Pekinu.
Jego konstytucja z 18 lipca 1289 zagwarantowała połowę przychodów Kurii Rzymskiej kolegium kardynalskiemu. Dokument pochodzący z okresu panowania Mikołaja IV Taxatio Ecclesiastica Angliae et Walliae Auctoritate (1291-1292), dotyczący zbiórki daniny kościelnej na Wyspach Brytyjskich, jest ważnym źródłem informacji dla historyków zajmujących się dziejami średniowiecznej Anglii i Walii.
Za pontyfikatu Mikołaja IV ozdobiono mozaikami rzymskie bazyliki: Santa Maria Maggiore oraz św. Jana na Lateranie.