Pontyfikat Po śmierci Klemensa III około 85-letni Giaconto Bobone został wybrany na papieża, jako kandydat kompromisowy wobec sporów kardynałów procesarskich i prosycylijskich. Data jego elekcji, podobnie jak data śmierci jego poprzednika, nie są ustalone ze stuprocentową pewnością. Oba te wydarzenia musiały jednak mieć miejsce pomiędzy 20 a 24 marca 1191Z 20 marca 1191 pochodzi ostatni urzędowy akt Klemensa III, a z 24 marca 1191 pochodzi najwcześniejszy dokument wymieniający Celestyna III jako urzędującego papieża, zob. Baaken, s. 204, 211.. Według rocznika z Regensburga Klemens III zmarł 20 marca, a kardynał Bobone został wybrany jego następcą następnego dnia, 21 marcaBaaken, s. 203, 211.. Został konsekrowany w Wielkanoc 14 kwietnia 1191 r. i przybrał imię Celestyn III.
Jednym z pierwszych aktów jego pontyfikatu było koronowanie na cesarza króla niemieckiego Henryka VI, który zmierzał wówczas na podbój królestwa Sycylii (15 kwietnia 1191). Wyprawa cesarza skończyła się jednak porażką w walkach z Tankredem Sycylijskim. Celestyn III, wykorzystując trudną sytuację cesarza, zawarł w Gravina sojusz z Tankredem latem 1192.