Po studiach wyjechał do Warszawy, aby objąć stanowisko profesora rzeźby w Szkole Sztuk Plastycznych. W 1905 w restauracji Lijewskiego w Warszawie postrzelił śmiertelnie atakującego go malarza Wacława Pawliszaka, któremu wcześniej odmówił dania satysfakcji. Później został zwolniony z aresztu za kaucją w wysokości 2 tys. rubli. W 1908 z nieformalnego związku z Sarą Lipską urodziło się jego jedyne dziecko, córka Maria Xawera. W Warszawie pracował do roku 1910, po czym wyjechał do Krakowa. W 1914 wyjechał na stypendium do Londynu. Kolejne lata spędził w Paryżu, służył w kompanii Bajończyków w Legii Cudzoziemskiej. Po szkoleniu wojskowym jesienią 1914 roku zwolniono go z powodu stanu zdrowia i nie walczył na froncie. W 1922 wrócił do Polski, aby objąć katedrę rzeźby na krakowskiej ASP. Postanowieniem Prezydenta Rzeczypospolitej z 20 września 1930 został mianowany profesorem zwyczajnym rzeźby. Do grona uczniów Dunikowskiego zaliczali się m.in.: Jerzy Bandura, August Dyrda, Zygmunt Gawlik, Józef Gosławski, Maria Jarema, Ludwik Konarzewski (junior), Marian Konieczny, Jacek Puget, Henryk Wiciński oraz Jerzy Bereś.