Osada po raz pierwszy wzmiankowana jest w dokumentach króla Kazimierza Wielkiego z 1365 roku. Była to osada handlowa o charakterze miejskim, określana jako oppidum – miasteczko. Wieś stanowiła własność królewską. W XV wieku należała do Jasy Wrocha. Została kupiona przez Piotra Smolickiego starostę sanockiego, po nim przejął ją Jan Targowicki autor Rocznika – właściciel Żeglec. W kronikach Jana Długosza znajdują się zapisy, według których należała również do Mikołaja z Tarnawy herbu Sas. Należała do też Smolickich, Kalnicckich, Sieneńskich, Tomaszewskich, i Baranowskich.
W 1884 roku, po wybudowaniu linii kolei transwersalnej, w Targowiskach zbudowana została stacja kolejowa, która do lat 60. XX w. nazywana była stacją Iwonicz (tu bowiem wysiadali kuracjusze jadący na leczenie do iwonickiego uzdrowiska). We wsi rozwinęły się w tym czasie usługi dorożkarskie, powstała restauracja i hotelik.
W dwudziestoleciu międzywojennym, na północnym obrzeżu, powstało lotnisko zapasowe dla lotniska krośnieńskiego.
W latach okupacji niemieckiej we wsi stacjonował oddział Luftwaffe, który ochraniał rozbudowane przez Niemców lotnisko – startowały z niego niemieckie bombowce na front wschodni. AK OP-15 w marcu 1944 zniszczyła im radiostację niemiecką na dworcu kolejowym w Iwoniczu (Targowiska).