Wielość procesów w najmłodszej historii geologicznej tego obszaru znajduje swoje odbicie w zróżnicowaniu środowiska przyrodniczego, a to z kolei daje podstawy do delimitacji mikroregionów w obrębie Kotliny Toruńskiej.
Charakterystyka Kotlina Toruńska stanowi ciągnące się na linii wschód-zachód obniżenie terenu wzdłuż Wisły. Maksymalną szerokość 25 km Kotlina osiąga w okolicy Bydgoszczy. Wypełniona jest systemem teras rzecznych, wśród których najniższa jest zalewowa, a wyższe zajmują wydmy śródlądowe o wysokości 10–25 m, maksymalnie osiągające 40 m wysokości względnej. Pole wydmowe w Kotlinie należy do jednych z największych w Polsce (obok Puszczy Noteckiej i Kampinoskiej). Porośnięte jest od wieków lasem, dawniej mieszanym, obecnie głównie borem sosnowym. Duży i zwarty kompleks leśny porastający większość obszaru Kotliny (na południe od Wisły) zwany jest Puszczą Bydgoską. Mniejszy kompleks borów rozciąga się po północnej stronie Wisły, między Toruniem, a Włocławkiem.