Rzadko na wilczomleczu tym stwierdzano obecność mszyc Acyrtosiphon euphorbiae.
Wśród grzybów porażających tę roślinę jest dla niej tylko specyficzny gatunek – Plagiostoma euphorbiae (Diaporthales). Poza tym atakują ją rdze i mączniakowce: Melamsora euphorbiae, Melamsora euphorbiae-dulcis, Uromyces verrucosae-craccae i Podosphaera euphorbiae (Sphaerotheca).
Fitosocjologia W klasyfikacji zbiorowisk roślinnych w Europie Środkowej wilczomlecz błotny uznawany jest za gatunek charakterystyczny dla rzędu (O.) Convolvuletalia (niepewne, wymaga dalszych badań), związku zespołów (All.) Filipedulion (niepewne, wymaga dalszych badań), oraz gatunek charakterystyczny i wyróżniający dla zespołu roślinności (Ass.) Veronico-Euphorbietum. W skali całego swego zasięgu gatunek występuje jednak w zróżnicowanych zbiorowiskach. W zachodniej części swego zasięgu częściej rejestrowany jest w zbiorowiskach szuwarowych (klasa Phragmitetea), zwłaszcza z trzciną pospolitą. Poza tym w zbiorowiskach z rzędów Magnocaricion, Molinio-Holoschoenion, Convolvulion sepium i związku Molinietalia caeruleae. W Europie Środkowej częściej dokumentowany jest w towarzystwie gatunków łąkowych ze związków Cnidion i Molinion. Na północy zasięgu notowany jest w zbiorowiskach łąk zalewowych Agropyro-Rumicion z udziałem gatunków tolerujących zasolenie.