Uczestniczył w ratowaniu dzieci Zamojszczyzny. Działał na rzecz dostarczania leków więźniom Pawiaka i Auschwitz-Birkenau.
Popowski działał w wywiadzie Armii Krajowej w formacji „Lombard” oraz organizował pomoc lekarską dla warszawskiego getta. Stanisław Popowski, jego żona i córka ukrywali żydowskich lekarzy w swoim mieszkaniu, za co oboje zostali odznaczeni medalami „Sprawiedliwy Wśród Narodów Świata” z inicjatywy Bianki Perlmutter. Popowscy dla ukrywanych zdobywali fałszywe akty urodzenia i zapewniali pomoc medyczną. Uratowani przez nich zostali m.in.: prof. Henryk Brokman wraz z żoną i córkami, Janina Jasińska – córka Seweryna Sterlinga, Zofia Rudkowska-Fuchs wraz z mężem, Seweryn Oxner z żoną i synem, Ludwik Hirszfeld wraz z żoną Hanną Hirszfeld. Ponadto Popowski zaangażowany był w ratowanie dzieci z getta warszawskiego, we współpracy z Matyldą Getter. Nie sposób jednoznacznie oszacować liczby uratowanych dzieci przez Popowskiego i Getter. Według prof. Marii Gołębiowskiej były to setki lub tysiące.