W tym czasie za wstawiennictwem prymasa Michała Poniatowskiego został przez papieża zwolniony ze ślubów zakonnych. W 1785 roku król Stanisław August Poniatowski nadał mu tytuł „nadwornego konsyliarza”. W czasie insurekcji kościuszkowskiej pełnił funkcję naczelnego chirurga wojsk polskich (został naczelnym lekarzem w Głównym Lazarecie w Krakowie). W 1803 roku opuścił katedrę z powodu choroby i zaczął pisać pracę „Narząd opatrzenia chirurgicznego”, która stała się pierwszym podręcznikiem chirurgii teoretycznej i praktycznej w języku polskim. Był wynalazcą kilku narzędzi chirurgicznych np. gnipsu (noża zakończonego główką używanego do rozcinania ran) i wyciągu do leczenia złamań kości. Był prekursorem ortopedii w Polsce. Dzięki zasługom dla chirurgii polskiej został nazwany „ojcem chirurgii polskiej”. Zajmował się też działalnością dobroczynną. Był lekarzem studentów mieszkających w bursach, ubogich leczył bezpłatnie. Posiadał dużą kolekcję książek i instrumentów chirurgicznych, które w testamencie zapisał Akademii Krakowskiej.