Szefem całej policji niemieckiej został Heinrich Himmler, bardzo bliski współpracownik Adolfa Hitlera.
W tym samym roku (1936) Heinrich Himmler połączył Gestapo i policję kryminalną (Kriminalpolizei – Kripo) w jedną organizację – Policję Bezpieczeństwa (Sicherheitspolizei – Sipo) i podporządkował ją szefowi partyjnej służby bezpieczeństwa (Sicherheitsdienst – SD), Reinhardowi Heydrichowi. W październiku 1939, po awansie Heinricha Himmlera na stanowisko komisarza Rzeszy do spraw umacniania niemieckich wartości narodowych, odpowiedzialnego za zachowanie czystości rasowej na Wschodzie, funkcję szefa Gestapo objął SS-Oberführer Heinrich Müller.
W latach 1939–1941 Gestapo ściśle współpracowała z NKWD w zakresie likwidacji podziemia i opozycji politycznej na terenach okupowanych przez ZSRR i III Rzeszę.
Podporządkowanie administracyjne, zadania i działalność thumb|upright=2.8|center|Podporządkowanie administracyjne Gestapo thumb|Gmach Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego w al. J.Ch. Szucha 25 w Warszawie, podczas okupacji siedziba Gestapo w dystrykcie warszawskim W latach 1939–1945 Gestapo wchodziła w skład Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy (Reichssicherheitshauptamt – RSHA), jako jego IV departament.