W 1939 wydawał pismo Vlajka, w którym pisał o ucisku ludności muzułmańskiej na Bliskim Wschodzie, a także artykuły antyżydowskie i gloryfikujące politykę Adolfa Hitlera.
W latach 1939-1943 działał w Gwardii Świętopełka (Svatoplukova garda), bojówce faszystowskiej wzorowanej na niemieckiej SA. Po zajęciu Czechosłowacji przez Niemcy, Brixius zabiegał o utworzenie gminy muzułmańskiej w Czechach. Uzyskał na to zgodę w roku 1941. W czasie wojny zajmował się działalnością publicystyczną, pisał artykuły skierowane przeciwko komunizmowi i przeciwko czechosłowackiemu rządowi emigracyjnemu. W 1945 Emanuel Moravec mianował Brixiusa redaktorem naczelnym pisma Korespondence, organu Ligi Przeciwko Bolszewizmowi. Za swoją działalność został odznaczony tzw. Orłem św. Wacława.
W maju 1945 stanął przed sądem oskarżony o kolaborację z okupantem i propagowanie nazizmu. Za swoją działalność został skazany na 8 lat więzienia. Uwolniony w 1953, ponownie działał w ramach wspólnoty muzułmańskiej, która po 1945 straciła osobowość prawną.