Integralną częścią pracy naukowo-dydaktycznej ks. Kowalczyka jest także uczestnictwo w wielu krajowych i międzynarodowych konferencjach oraz sympozjach naukowych. Ponadto warto zaznaczyć, iż lubelski filozof wchodzi do składu osobowego zespołów redakcyjnych i rad naukowych „Studiów Sandomierskich”, „Studiów Polonijnych”, „Roczników Nauk Społecznych”, „Vox Patrum”, „Religion in Eastern Europe”, „Dialogue and Universalism”. Współpracuje także stale z pismami zagranicznymi („Augustinus”, „Studio Augustiniano”, „Divus Thomas”, Ateisto e Dialogo”, „Giornale di Metafisica”) i polskimi („Studia Philosophiae Christianae”, „Chrześcijanin w świecie”, „Ateneum Kapłańskie”, „Colloquium Salutis”, „Roczniki filozoficzne”, „Studia Płockie”, „Zeszyty Naukowe KUL”).
W styczniu 2011 r. został uhonorowany doktoratem honoris causa Papieskiego Wydziału Teologicznego we Wrocławiu.