We wrześniu 1939 roku wraz z mężem wyjechała do Warszawy. Podczas okupacji niemieckiej prowadziła prywatnie tajne lekcje gry na fortepianie. Po zakończeniu II wojny światowej włączyła się w reaktywację szkolnictwa muzycznego w Toruniu. W maju 1945 roku wraz z Jerzym Tadeuszem Stefanem oraz toruńskim pedagogiem i muzykiem F. Tomaszewskim założyli szkołę muzyczną, na miejscu przedwojennego Konserwatorium. Nowa szkoła działała w trudnych warunkach, była pozbawiona lokalu, sprzętu i instrumentów muzycznych. Dwór Artusa, będący przed wojną siedzibą Konserwatorium, przejął Uniwersytet Mikołaja Kopernika, instrumenty i pozostałe wyposażenie przepadły bez śladu. Pierwsze zajęcia szkoły muzycznej odbywały się w prowizorycznym pomieszczeniu, pozyskanym od Zarządu Miejskiego w ekspozyturze Wojewódzkiego Wydziału Kultury i Sztuki w gmachu Zarządu. Międzyczasie szkoła została przemianowana na Instytut Muzyczny Pomorskiego Towarzystwa Muzycznego. Irena Kurpisz-Stefanowa została wiceprezesem placówki.