W wyniku tumultu toruńskiego z 1724 roku kościół odebrano luteranom i przekazano bernardynom. W 1798 roku rozebrano gotyckie bogato dekorowane szczyty nad nawami i potrójne dachy wznosząc obecny jeden dach dwuspadowy nad całym korpusem i nowe szczyty. Pierwotny wygląd szczytów i dachów jest znany dzięki rysunkom Georga Friedricha Steinera. W 1821 roku zakon bernardynów uległ kasacji, a kościół przeszedł w posiadanie parafii św. Wawrzyńca. Budynki klasztorne rozebrano rok później. 10 lat później kościół został siedzibą nowej parafii. Pod koniec XIX wieku przeprowadzono niezbędne prace remontowe przy kościele. Od lipca 1938 roku do września 1939 roku wikariuszem w kościele był bł. ksiądz Stefan Wincenty Frelichowski.
Fazy budowy Pierwszy kościół z ok. połowy XIII w. był prostokątną budowlą salową o długości ok. 18 m, szerokości ok. 8 m i wysokości 12 m. Od północy przylegała do niego dzisiejsza zakrystia, w formie pierwotnej parterowa i od wschodu zamknięta prosto. W kościele drugim wschodnie zamknięcie ścianą prostą zastąpiono wielobokiem (podobnie uczyniono ze wschodnią ścianą zakrystii) oraz nadbudowano ściany do wysokości ok. 18 m. Prezbiterium było sklepione. Nieznany jest kształt zachodniej części drugiego kościoła.