Strategiczne znaczenie ma również kompleks wodno-energetyczny, będący drugim źródłem wpływów z eksportu.

Rocznie w Kirgistanie wydobywa się około 75–100 tys. ton ropy naftowej, co tylko częściowo zabezpiecza potrzeby kraju.

Ważną rolę odgrywa też przemysł spożywczy.

Energetyka thumb|upright=1.3|Produkcja energii elektrycznej w Kirgistanie w latach 1945–2016 Jedną z najważniejszych gałęzi przemysłu w Kirgistanie jest energetyka.

Po Rosji i Tadżykistanie Kirgistan posiada największe zasoby energii wodnej na jednego mieszkańca spośród krajów WNP. Wydajność strumieni górskich w Kirgistanie szacuje się na poziomie około 142 mld kWh rocznie, zaś łączne zasoby hydroenergetyczne na ok. 163 mld KWh rocznie.

W Kirgizji działa 9 elektrowni, których łączna moc wynosi 3646 megawatów. Siedem z nich to elektrownie wodne o mocy 2918 megawatów, a 2 to elektrownie cieplne.

Obecnie Kirgistan eksportuje energię elektryczną do Kazachstanu, Uzbekistanu, Tadżykistanu i Chin, w ilości 2 – 2,5 mld KWh rocznie.

Główny producent energii elektrycznej „KyrgyzEnergo” został podzielony na kilka mniejszych przedsiębiorstw, specjalizujących się w produkcji, transmisji i dystrybucji energii.