W 1940 wstąpił do ZWZ, przyjmując pseudonim „Bończa”, i został mianowany szefem Służby Zdrowia (kryptonim „Adam”) VII Rejonu „Jelsk-Jaworzyn” 7 Obwodu „Obroża”. Zorganizował służbę zdrowia oraz prowadził szkolenia sanitarne żołnierzy VII Rejonu. Wspomina Zofia Głodkowska:

„Doktor Antoni Orsik, szef konspiracyjnej służby zdrowia VII obwodu »Obroża«, w 1944 zorganizował służbę sanitarną, prowadząc szkolenie żołnierzy, w większości dziewcząt i kobiet z Wojskowej Służby Kobiet (WSK). Przygotowywał je do pracy w charakterze sanitariuszek potrzebnych, jak przewidywano, do pielęgnacji rannych i chorych w chwili wybuchu powstania. Pomagały mu wykwalifikowane instruktorki, wśród nich dr stomatologii Pelagia Smolińska”.

Szpital dla powstańców z Warszawy mieścił się na terenie ówczesnej huty szkła oraz w domu rotmistrza Reklewskiego w Ołtarzewie.

W kwietniu 1945 Antoni Orsik został zmobilizowany do Ludowego Wojska Polskiego i dostał przydział do Oficerskiej Szkoły Samochodowej w Bydgoszczy w stopniu kapitana, a następnie do Poznania do wojskowego szpitala ginekologiczno-położniczego jako ordynator oddziału.