Ostatni mecz w karierze rozegrał 1 czerwca 1997 roku w przegranym 1:0 domowym meczu ligowym z Cagliari CalcioAll Franco Baresi's games and results – 1996/1997 , a po sezonie 1996/1997 zakończył karierę piłkarską. Łącznie dla drużyny Rossonerich rozegrał 718 meczów, w których zdobył 31 goli (472 meczów/12 goli w Serie A, 61 meczów/4 gole w Serie B, 97 meczów/15 goli w Pucharze Włoch, 75 meczów w europejskich pucharach, 6 meczów w Superpucharze Włoch, 4 mecze w Pucharze Interkontynentalny, 3 mecze w Torneo Estivo).
Koszulka z numerem 6, w której grał w drużynie Rossonerich, została zastrzeżona. Za swoje osiągnięcia otrzymał wiele nagród i wyróżnień: piłkarz 100-lecia A.C. Milanu (1999), piłkarz 100-lecia Serie A (2000), 17. miejsce UEFA Golden Jubilee Poll (2004), FIFA 100 (2004), Golden Foot w kategorii Legenda Futbolu (2012), a także członek Galerii Sławy FICTS, A.C. Milanu (2009) oraz włoskiej piłki nożnej (2013)La ‘Hall of Fame del calcio italiano’ si arricchisce di altre dieci stelle [data dostępu: 2016-10-25] Hall of Fame: Allegri miglior allenatore. Nell'Olimpo del calcio italiano anche Zanetti e Totti [data dostępu: 2019-05-20] .
Wieloletni prezes A.C.