Od XVI wieku wybrzeże kraju atakowane było przez piratów angielskich, a w XVIII wieku Brytyjczycy podjęli się nieudanej próby zajęcia wybrzeża.
W 1821 Gwatemala uzyskała niepodległość; wkrótce potem kraj był okupowany przez Meksyk. W 1823 roku weszła w skład Zjednoczonych Prowincji Ameryki Środkowej. W 1839 proklamowana została niepodległa republika. Od początku niepodległości kraj ogarnął konflikt między liberałami a konserwatystami. W latach 1844–1865 dyktatorską władzę sprawował konserwatysta Rafael Carrera y Turcios. Carrera prowadził politykę umacniającą pozycję Kościoła katolickiego w państwie. Słabość konserwatywnych rządów wykorzystana została przez Brytyjczyków, którzy opanowali część wybrzeży kraju, gdzie utworzyli własną kolonię zwaną jako Honduras Brytyjski (współczesne Belize). W 1873 roku władzę przejął liberał Justo Rufino Barrios. Barrios wprowadził szereg liberalnych reform, wprowadził w życie nową konstytucję, dokonał sekularyzacji państwa i dóbr Kościoła, reformy edukacji oraz rozwinął w Gwatemali kolej. Okres jego rządów to okres szybkiego wzrostu gospodarczego oraz zbrojnych prób odbudowy federacji republik Środkowej Ameryki. Po śmierci Barriosa doszło do wzrostu wpływów USA.