Ze względu na biegłą znajomość francuskiego brała udział w rejsach załóg mieszanych, występując m.in. z Yvesem Parlierem (zwycięstwo w Round Europe 1999 na trasie Genua - Lorient), z Yvanem Bourgnonem - zajęli 4. miejsce w Fastnet Race w 1999 na trimaranie Kingfisher.
W 1999 wzięła udział w Transat Jacques-Vabre. Ellen z towarzyszącym jej Yvesem Parlierem zajęła 5. miejsce w klasie jednokadłubowców.
MacArthur zyskała rozgłos w 2001, kiedy to zajęła drugie miejsce w solowych regatach "Vendee Globe". Była ich najmłodszą uczestniczką. Wystartowała na kingfisherze własnego projektu.
W 2004 Nigel Irens i Benoit Cabaret zaprojektowali specjalny kingfisher dla MacArthur. Obiekt był dostosowany do niskiego wzrostu żeglarki (1,57 m). W tym samym roku próbowała przepłynąć Atlantyk, ale skończyło się to niepowodzeniem.
28 listopada 2004 MacArthur wypłynęła na samotny rejs dookoła świata. Ukończyła go 8 lutego 2005, osiągając najkrótszy czas w historii. Po powrocie została Damą Orderu Imperium Brytyjskiego (była wówczas najmłodszą laureatką). Dostała stopień Honorowego Porucznika Królewskiej Rezerwy Marynarki Wojennej. Doceniona została także we Francji.