W okresie reformacji miasto przyjmuje wyznanie protestanckie (1528).
Podczas wojny trzydziestoletniej Lindau broniło się skutecznie przed oblężeniem wojsk szwedzkich. W roku 1728 pożar zniszczył znaczną część zabudowy historycznej miasta – zniszczone budynki odbudowano w stylu barokowym. W wyniku mediatyzacji dokonanej w całych Niemczech w 1802 roku Lindau straciło status wolnego miasta, dostało się na krótko pod panowanie austriackie, a w 1806 roku przeszło pod panowanie bawarskie.
W 1838 roku do portu w Lindau zawinął pierwszy statek parowy. W roku 1853 powstała grobla kolejowa łącząca wyspę Lindau ze stałym lądem, zaś w 1856 roku nowy reprezentacyjny port. Na coraz szerszą skalę rozwijała się turystyka, powstały liczne hotele.
Po zakończeniu II wojny światowej miasto Lindau wraz z okolicami uzyskało specjalny status państwowoprawny, ponieważ leżało pomiędzy francuską strefą okupacyjną Niemiec a francuską strefą okupacyjną Austrii. Bawaria, w granicach której leży Lindau, znajdowała się pod okupacją amerykańską. By uzyskać korytarz lądowy łączący francuskie strefy okupacyjne w Niemczech i w Austrii, powiat Lindau (Bodensee) został wyłączony z granic Bawarii i przyłączony do strefy francuskiej. Utworzone w roku 1946 Prezydium Powiatowe pełniło funkcje rządu krajowego i było niezależne od rządu bawarskiego.