jednak Roma ustąpiła miejsca w tabeli Milanowi. W sezonie 2004/05 Roma była zmuszona czterokrotnie zmienić trenera. Mimo problemów Totti zdobył jednak 12 goli, a dzięki jego licznym asystom Vincenzo Montella strzelił w tym sezonie 21 bramek. 19 grudnia 2004 w meczu z Parmą Totti, strzelając 107. gola w barwach Romy pobił dotychczasowy rekord strzelecki ustanowiony przez Roberto Pruzzo. Podczas meczu z Empoli, 19 lutego 2006 roku, kapitan Romy doznał poważnej kontuzji – złamania lewej kości strzałkowej. Został wykluczony z gry na ponad trzy miesiące. W meczu Pucharu Włoch, 11 maja, pojawił się na boisku jako zmiennik; rzymski klub uległ jednak Interowi Mediolan 3:1. Podobnie, jak w sezonie 2004/05, Roma przegrała walkę o Puchar Włoch, a zwycięzcą ponownie został Inter. Sezon klub zakończył na 5. pozycji w tabeli, a występy w Lidze Mistrzów zagwarantowały mu werdykty w związku z aferą Calciopoli, które pozbawiły Juventus i Fiorentinę tej możliwości. Roma ostatecznie awansowała na 2. miejsce.