Później był wyznaczony na dublera dowódcy pierwszej wyprawy na stację kosmiczną Skylab i na dowódcę trzeciej załogi podstawowej mającej pracować na tej stacji. 1971 – odszedł z oddziału astronautów oraz samej NASA.

Loty załogowe thumb|300px|W. Cunningham podczas misji Apollo 7 thumb|300px|Załoga Apollo 7 po powrocie z misji. Od lewej: Donn Eisele, Walter Schirra i Walter Cunningham Apollo 7 Start do pierwszej załogowej misji programu Apollo oznaczonej jako Apollo 7 odbył się 11 października 1968 roku. Dowódcą w czasie tego lotu był Walter Schirra, Donn Eisele pilotem modułu dowódczego, a Walter Cunningham pełnił umowną funkcję pilota modułu księżycowego (rolę pojazdu LM pełnił podczas lotu balast).

Najważniejszym zadaniem jakie stało przed astronautami było przetestowanie w warunkach realnego lotu kosmicznego nowego statku załogowego, którym Amerykanie mieli lecieć w kierunku Księżyca. W trakcie misji przeprowadzono m.in. symulację manewru wyciągania lądownika księżycowego z członu S-IVB rakiety nośnej Saturn IB. Ćwiczono też zbliżanie się i oddalanie statku Apolla od S-IVB. Ponadto przeprowadzano eksperymenty medyczne oraz fotografowanie Ziemi.