Historia bazyliki św. Idziego wiąże się z budowanym przez mnichów z zakonu cystersów kościołem klasztornym w Bardejowie (przełom XII i XIII wieku). Według innych źródeł kościół ten powstał z inicjatywy króla Węgier Andrzeja II (1205–1235) na początku XIII wieku. Jednocześnie ani rok, ani miejsce budowy kościoła nie są dokładnie znane, ale jego istnienie częściowo potwierdzają potoczne określenia, którymi posługują się mieszkańcy Bardejowa. Wśród nich wyróżnia się m.in. „Mnichowski potok” (Mníchovský potok), „Klasztorne łąki” (Kláštorné lúky), a także część miasta nazywana przez miejscowych „Poza rajem” (Za rajom).

Bazylika jest więc drugim najstarszym kościołem archidiecezji koszyckiej. Pierwsza pisemna wzmianka o istnieniu kościoła św. Idziego pochodzi z 1247 roku, kiedy to węgierski król Bela IV w swoim przywileju zabezpieczył ziemie należące do klasztoru cystersów w Bardejowie („Terra Bardfa”), które zostały częściowo zajęte przez osadników niemieckich z Preszowa. Dokument ten wspomina o kościele jako części tego klasztoru (pisano w nim o „fratres de Copryvnicza Cisterciensis ordinis apud Ecclesiam Sancti Egidii de Bardfa” – czyli braciach z zakonu cystersów z Koprzywnicy przy kościele św. Idziego w Bardejowie).