Nowsze badania wskazują, że dokument mógł jeszcze odnosić się do romańskiego poprzednika obecnej budowli, wobec czego rozpoczęcie wznoszenia kościoła gotyckiego należy datować najwcześniej na drugą połowę XIV wieku.
Pierwszym etapem budowy było wzniesienie prezbiterium głównego wraz z prezbiteriami bocznymi. W kolejnych dziesięcioleciach projekt zmodyfikowano, zastępując pierwotnie przewidywany układ bazylikowy korpusem halowym. Budowa trwała przez pierwszą połowę XV wieku. Za ważną datę w dziejach prac budowlanych uchodzi rok 1444, umieszczony w inskrypcji obok zachodniego portalu, upamiętniającej osadzenie przedstawienia św. Michała w jego zwieńczeniu.
W drugiej połowie XV wieku kontynuowano prace przy kaplicach i wieży. W związku z zagrożeniem tureckim kościół wraz ze znajdującą się obok kaplicą św. Jakuba otoczono murem obronnym. Po rozbudowie miejskich fortyfikacji mur wokół kościoła utracił znaczenie.
W 1489 roku świątynia została uszkodzona przez pożar miasta. Zniszczeniu uległ dach, a uszkodzenia objęły także sklepienie prezbiterium. Odbudowę przeprowadzono przy wsparciu króla Macieja Korwina. Prace przy wieży trwały jeszcze na początku XVI wieku, bo źródła odnotowują roboty przy niej w 1517 roku.