W dniu 5 listopada 1974 Silkwood stwierdziła, że jej ciało zawierało prawie 400 razy więcej niż prawnie dopuszczalny poziom zanieczyszczenia plutonem. Następnego ranka, przed wyjazdem na spotkanie negocjacyjne OCAW, ponownie się zbadała i uzyskała pozytywny wynik na obecność plutonu, chociaż pracowała tego dnia w biurze. Przeszła intensywną dekontaminację. Dwa dni później na wejściu do zakładu stwierdzono, że jest niebezpiecznie skażona – wydychała skażone powietrze. Zespół lekarzy pojechał do jej domu i znalazł ślady plutonu na kilku powierzchniach, zwłaszcza w łazience i na lodówce. Skażony dom został rozebrany. Karen straciła część majątku. Wraz z partnerem Drew Stephensem i współlokatorką Dusty Ellis została wysłana do Los Alamos National Laboratory na testy w celu określenia stopnia skażenia organizmu. Silkwood uważała, że została skażona na terenie zakładu pracy. Kierownictwo firmy uważało, że doprowadziła do skażenia umyślnie, aby przedstawić zakład w negatywnym świetle.